Concilier le développement économique et la préservation de l'écologie est un défi quotidien pour le port de Bordeaux, qui s'étend sur près de cent kilomètres le long de l'estuaire de la Gironde. Cette zone est entièrement classée en site Natura 2000 et comprend deux parcs naturels marins, celui de l'estuaire et celui de la mer du Perthuis. Les enjeux environnementaux relevés par l'Autorité environnementale lors de l'examen du projet stratégique 2014-2019 du Grand Port maritime de Bordeaux (GPMB) sont nombreux. Ils concernent en particulier les dragages et la gestion des sédiments extraits, les émissions de gaz à effet de serre induites par le développement des différents terminaux ou leurs impacts sur le milieu estuarien. Saluant la volonté du GPMB d'intégrer ces dimensions, l'Autorité regrette cependant "que cette ambition n'ait pas donné lieu à un véritable travail prospectif quantitatif pouvant constituer une feuille de route environnementale". Elle considère que les évaluations réalisées "ne permettent pas de juger l'efficacité des mesures du plan stratégique". En conséquence, elle recommande au GPMB "de préciser la façon dont le projet stratégique s'intègre dans une stratégique de développement plus large et de compléter l'état initial avec des éléments quantitatifs environnementaux". Les autres volets de son avis appellent l'autorité portuaire à prendre en compte "le risque d'inondation couplé aux effets des changements climatiques" comme l'élévation du niveau de la mer et le phénomène de surcote de l'estuaire. Une meilleure articulation avec les autres plans et études de dangers locaux est également conseillée. L'Autorité demande enfin au GPMB de mieux quantifier et justifier ses besoins en nouvel espace foncier pour son développement.
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