Le port de Mulhouse a connu en 2011 une baisse de trafic de près de 15 %, imputable à la conjoncture économique et aux mauvaises conditions de navigation sur le Rhin. Le trafic 2011 s'est établi à 4,51 Mt, en recul annuel de 14,7 %. L'activité a été perturbée pendant plusieurs mois à cause de périodes de faible niveau d'eau sur le Rhin au printemps et à l'automne, et en raison du chavirage en janvier d'un bateau-citerne en Allemagne qui a paralysé la navigation du fleuve. Les baisses les plus significatives concernent des marchandises sensibles à la conjoncture économique : produits chimiques, produits pétroliers, minéraux pour le BTP. Le trafic de conteneurs fluviaux a également reculé de 20 % pour se situer à 49.800 EVP.