
Les attentats du 11-Septembre lui ont donné le coup de grâce. Le trafic aérien a été paralysé pendant de nombreux jours après les attentats et Swissair s'est retrouvée à court d'argent. Fin septembre 2001, Mario Corti, qui avait pris les commandes de Swissair six mois auparavant, avait demandé de l'aide à la Confédération et aux grandes banques suisses, pour pouvoir payer les salaires du personnel. Les établissements financiers avaient donné leur accord, mais à condition que Swissair accepte d'être démantelée, renonce à son indépendance et passe sous la coupe de la compagnie Crossair, sa filiale beaucoup plus rentable. C'était le projet Phénix, annoncé le 1er octobre 2001.
Swiss naît le 31 mars 2002
Le 2 octobre, deux avions de Swissair sont bloqués à l'aéroport de Londres parce que les droits d'atterrissage n'ont pas été payés. Les fournisseurs de kérosène refusent quant à eux d'approvisionner les avions. Puis c'est l'immobilisation au sol de l'ensemble de la flotte à travers le monde. Le trafic reprend le 4 octobre, grâce à une aide de l’État suisse. Mais Swissair ne se remettra pas de cette débâcle. En novembre, le gouvernement, les banques et des entrepreneurs mettent 2,2 milliards de francs suisses sur la table pour la mise sur pied d'une nouvelle compagnie nationale, à partir de Crossair. Malgré ces efforts, Swissair disparaît définitivement le 31 mars 2002, alors que la nouvelle compagnie, appelée Swiss, prend son envol.